中國教育報-中國教育新聞網訊(記者 馮麗)記者日前從西安交通大學獲悉,該校葉凱教授團隊在高質量基因注釋研究方面獲得重要突破,相關成果3月12日在線發表于國際頂級期刊《自然·方法》(Nature Methods)。
基因注釋是連接“測出基因組”和“讀懂基因組”的核心環節,是基因組研究走向功能解析和應用轉化的重要基礎。隨著國際大型基因組計劃持續產出海量數據,如何實現高質量基因注釋已成為后基因組時代亟待突破的重要瓶頸。
傳統方法通常依賴RNA測序、同源蛋白等外部證據,存在數據需求高、計算開銷大、對數據匱乏物種適用性受限等問題。針對這一挑戰,葉凱教授團隊提出了一種基于混合專家架構的基因組語言模型ANNEVO。該方法能夠同時學習不同生物類群的進化規律和長距離序列上下文關系,在無需RNA測序和同源蛋白等外部證據的條件下,僅憑DNA序列即可實現高精度從頭基因注釋,打破國外尤其是德國團隊在該領域20余年的技術壟斷,推動我國在基因注釋核心方法上實現重要突破,對于服務國家生物安全戰略、AI+生命交叉融合發展具有重要意義。
據悉,該研究團隊長期圍繞“人工智能驅動基因組解析”開展系統布局,此前已相繼提出SVision(《自然·方法》,2022)、SVision-pro(《自然·生物技術》,2024)和Swave(《自然·遺傳》,2026)等方法。此次ANNEVO的提出,進一步完善了團隊在“AI驅動基因組解析”方向上的系列工作布局,形成了從基因組變異識別到基因功能注釋的連續方法鏈條,已在Darwin Tree of Life等國際旗艦基因組計劃場景中展現出重要應用價值。
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